تتكون الكنيسة من طابقيين:
الطابق الاول
به مذبحان الاوسط علي اسم السيدة العذراء صاحبة البيعة و البحري علي اسم مارجرجس و هناك ايقونتان لهما قيمة كبيرة احدهما في الناحية القبلية للسيدة العذراء و الرب يسوع في حجرها بالوان بديعة و خلفية الصورة من الخشب … و الايقونة الاخري من الناحية البحرية لرئيس الملائكة الجليل ميخائيل و يقف بجوارة القس داود المقاري في ملابس الكهنوت و ممسكا بالشورية و بالناحية البحرية ايضا مدفن القس داود المقاري.
و بجوارة حجرة تناول السيدات توجد مقصورة بها رفات شهداء الفيوم و في نهاية الكنيسة من الناحية البحرية الغربية المعمودية بحسب الطقس القبطي و لها بابان احدهما يفتح من خارج الكنيسة و الاخر يفتح علي داخل الكنيسة لكي لا يخرج الذي نال المعمودية الي الخارج مرة اخري بل يدخل الكنيسة عملا بقول الرب “من يقبل الي فلا اخرجه خارجا”…
الطابق الثاني
و به ثلاث مذابح الاوسط علي اسم السيدة العذراء و البحري علي اسم القديس تكلاهيمانوت الحبشي… اما المذبح الثالث “قبلي” فعلي اسم الشهيد موريس قائد الكتيبة الطبية و بهذا الطابق توجد القباب
و مقصورة ابناء القديس الانبا توماس السائح.
المنارتان
و بهما الاجراس و يوجد بالمنارة البحرية مذبح علي اسم الملاك ميخائيل
مبني الخدمات بالجهة البحرية:
و به فصول الملائيكه “الحضانة الصباحية” و تكون مع الفناء البحري نادي خدمتي حضانة و ابتدائي و الطابق الثاني منه به حجره مركز وسائل الايضاح اما الدور الثالث ففيه قاعه لمركز العدزاء للغات و مركز الفاكس و التليفون الدولي و التصوير ” النساخة” و مركز الصوتيات و المرئيات و يعلو هذا المبني نادي الشباب و الخرجيين و مركز القديس بولس لخدمة الشباب “كمبيوتر و تصوير”
مبني الخدمات الجهة القبيلة :
و يضم قاعات متسعة علي خمسة ادوار للخدمات التالية:
- اسرة البركة
- قاعة المناسبات للعذراء
- قاعة و مسرح القديسين مكسميوس و ديماديوس لانشطة و خدمات التربية الكنسية
- مركز العذراء للحاسب الالي
- مكتبة الاطلاع
- مكتب الخدمة الاجتماعية
- فصول التقوية لسنوات الدراسة لاعدادية و ثانوية بقاعة القس داود المقاري
- مركز العذراء للغات
- قاعة القمص يوحنا عبد المسيح
- مركز العلاج الطبيعي
و في غمرة احتفالات اليوبيل الذهبي للكنيسة يقوم قداسة البابا شنودة الثالث بافتتاح هذا المبني و مباركة انشطتة المختلفة في عشية عيد تاسيس الكنيسة 6/11/1998
بيت لحم
به فرن لتجهيز القربان تم تجهيزه منذ عامين ليعمل بالغاز الطبيعي