تتكون الكنيسة من كاتدرائية ضخمة بالدور العلوى يتم تجديدها بالكامل حاليا تحت اشراف القمص يوحنا وديع، تشمل ثلاثة مذابح وايضا كنيسة جميلة بالدور الاول تم تجديدها بالكامل وقام البابا المتنيح القديس الانبا شنوده الثالث بافتتاحها وتدشين مذابحها مع تدشين المعمودية بعد تجديدها وتجهيزها لتعميد الكبار والصغار وهى الان فى ابهى شكل بشهادة الجميع ،كما تشمل الكنيسة على ثلاثة مبانى خدمية واحد بالجهة البحرية واثنين بالجهة القبلية
اما الجهة القبلية فبها مبنى قديم بأقصى الشرق بناء المتنيح ابونا داود المقارى واسماه بيت النعمة وكان يستخدمه كمدرسة للاولاد والبنات وهو الان يشمل عدة قاعات مستخدمة لمدارس الاحد وايضا لدروس التقوية وفيه دور كامل مخصص لخدمة اخوة الرب مع دورات مياه لاستخدامات شعب الكنيسة وكولدير ماء بارد ويعلو هذا المبنى كنيسة باسم السمائيين قام بالاشراف على بنائها بالكامل القمص مينا عازر
وقبل هذا المبنى فى الجهة القبلية ايضا مبنى جديد الى حد ما افتتحه قداسة البابا شنوده فى مساء الجمعة ٦نوفمبر ١٩٩٨ فى ليلة احتفال الكنيسة باليوبيل الذهبى وقد ابدى قداسته اعجابه الشديد بالمبنى الذى قام بالاشراف على بنائه ابونا المتنيح القمص داود تادرس وكيل عام البطريركية السابق ورئيس مجلس الكنيسة فى ذلك الوقت، ويشمل هذا المبنى الجديد على دور اول مزدوج لخدمة اولادنا وبناتنا من اصحاب الهمم يشرف على خدمتهم ابونا القمص مينا عازر، وقد جالسهم البابا شنوده ولاعبهم بمرح وقت طويل فى زيارته لافتتاح المبنى، يليه دور يستخدم كقاعة مناسبات واجتماعات وهو مزين بايقونات معمولة بالفوسيفساء اعرب قداسة البابا عن اعجابه بها، ثم قاعة لخدمة مدارس الاحد باسم القديسين مكسيموس ودوماديوس والمعروفة بمسرح الكنيسة وهى قاعة فاخرة مكيفة مجلدة بالاخشاب الثمينة يمكن قسمتها الى قاعتين منفصلتين لعمل خدمتين فى وقت واحد وهى مجهزة بساوند وباضاءة تناسب اقامة المسرحيات والاعمال الفنية، وقد قدم على خشبتها اكثر من اربعين عمل فنى مابين مسرحية او كورال ترانيم او خورس الحان او اعمال فنية اخرى، حيث تبارت كل خدمات الكنيسة فى تقديم عروضها احتفالا باليوبيل الذهبى بدءا من يوم عيد العدرا ٢٢اغسطس ١٩٩٨ وحتى حضور قداسة البابا مساء الجمعة ٦ نوفمبر من نفس العام ،وقد شاهد قداسته ومعه لفيف من الاباء احبار الكنيسة المطارنة والاساقفة وايضا الاباء كهنة الكنيسة والاباء الكهنة المدعوون عرضا بعنوان ( حلم القديسين ) قدموه اطفال فصل الملايكة بالكنيسة ، ومعظمهم الان من خدام الكنيسة وقادتها، ثم فى الدور الاعلى قاعة خاصة بمركز الكمبيوتر والمعروف بإسم smccوالذى يشرف عليه ابونا القمص يوحنا وديع ، والذى يقدم كورسات متخصصة فى برامج الكمبيوتر معتمدا من ميكروسوفت، تخرج منه لفيفا من شباب الكنيسة واجيالها، ثم الدور الاخير وهو يشمل مكتبة اطلاع تعد اكبر مكتبة اطلاع كنسية فى ذلك الوقت تذخر بالاف الكتب والمراجع فى كافة العلوم ،يزورها يوميا اعداد من الباحثين وطلاب العلم من ابناء الكنيسة وغيرهم وقد ابدى قداسة البابا اعجابه الشديد بكافة الادوار ولكل ما راى فى هذا المبنى الجديد
وجدير بالذكر انه توجد غرفتين خشبيتين خارج المبنى احدهما مركز للفاكس والاتصالات، والاخرى كافيتريا لتقديم وجبات وحلوى ومشروبات لاولاد وبنات الكنيسة بين القداسات والخدمات واثناء خدمة النوادى
ايضا المبنى البحرى وهو قديم الى حد ما يرجع الى منتصف السبعينات ، فى دوره الاول توجد حضانة الكنيسة او فصل الملايكة الصباحى، ثم قاعات لفصل اعداد الخدام ولمركز تقوية اللغات باشراف ابونا كيرلس مكرم واخيرا..الروف المستخدم كنادى لخدمة شباب الجامعة ويشمل على مركز بولس الرسول لخدمة الشباب
وفى مدخل الكنيسة توجد قاعة كمكتب للاستعلامات والسكرتارية ومركز للصوتيات والمرئيات وبجواره مكتب مجلس الكنيسة وفى الجهة المقابلة بجوار معمودية الكنيسة مكتبة بيع الكتب والهدايا …كما توجد استراحة قصيرة لراحة الاخوة الفراشين بالاضافة لمكان المبيت المخصص لهم فوق بيت لحم لخبز القربان بشرقية الكنيسة.